发烧后眼睛疼可能是结膜炎、角膜炎、巩膜炎、泪囊炎、眼内炎等疾病的表现，这些疾病都与感染有关。由于眼睛疼痛可能影响视力，应尽快就医以确定具体原因并接受适当治疗。

1.结膜炎

结膜炎通常由病毒、细菌或其他病原体感染引起，这些病原体侵袭眼部组织，导致炎症和充血，从而引发眼睛疼痛。此外，炎症反应还会释放化学物质，进一步刺激眼部神经。患者可以遵医嘱使用妥布霉素滴眼液、盐酸左氧氟沙星滴眼液等抗生素类药物进行抗感染治疗。

2.角膜炎

角膜炎是由外源性或内源性致病因素侵犯角膜所引起的角膜炎症反应，由于炎症因子刺激角膜上皮细胞，进而出现眼睛疼痛的症状。患者可按医生建议使用玻璃酸钠滴眼液、重组人表皮生长因子滴眼液等人工泪液缓解不适症状。

3.巩膜炎

巩膜炎是巩膜及其周围组织的炎症性疾病，可能与免疫异常有关，当巩膜受到炎症刺激时，会导致眼部血管扩张和水肿，从而引起眼睛疼痛的现象发生。患者需要配合医生通过口服非甾体抗炎药如吲哚美辛肠溶片、双氯芬酸钠缓释胶囊等药物来减轻炎症。

4.泪囊炎

泪囊炎多为慢性炎症，主要是因为鼻泪管阻塞继发细菌感染所致，在炎症因子的作用下，可能会对周围的软组织造成一定的刺激，从而诱发疼痛的情况发生。针对此现象，患者可在医生指导下采用生理盐水冲洗的方式进行改善。

5.眼内炎

眼内炎是指眼内的炎症反应，常见于外伤或手术操作后的感染，此时眼内的压力增高，压迫眼球内部结构，从而产生疼痛感。对于眼内炎，患者应遵从医师意见，遵循医嘱服用醋酸泼尼松龙片、甲泼尼龙片等糖皮质激素类药物以控制炎症。

在诊断出具体原因后，患者应及时就医并接受专业的眼科治疗。定期眼科检查以及保持良好的眼部卫生习惯也是必不可少的。