早上小孩起床后有口臭可能是夜间唾液分泌减少、消化不良、口腔疾病等原因引起的。

夜间唾液分泌减少导致细菌滋生，会引起口臭；长时间不进食会导致口腔内食物残渣腐败产生异味，进而诱发口臭；儿童的消化系统发育不完善，易发生消化不良，此时食物在胃肠道中停留时间较长，被分解产生的气体经由口腔排出形成口臭；龋齿或牙周炎等口腔疾病可导致口腔环境改变，细菌大量繁殖，产生腐败性气味，从而引起口臭。

如果孩子同时伴有食欲减退、腹胀等症状，则可能与慢性胃肠功能紊乱有关。此外，若孩子存在长期睡眠呼吸暂停、鼻窦炎等问题也可能引发晨起口臭的现象。

日常生活中需注意孩子的口腔卫生，并且要定期带孩子到医院做体检以及相应的检查，比如血常规检查或者是超声波检查，以便及时发现异常状况并采取相应措施。