先天性巨结肠可能有轻度至重度的后遗症，取决于病情严重程度及治疗响应。

先天性巨结肠是由于胚胎期肠道神经发育异常所致，典型表现为肠管狭窄或梗阻，可伴有巨结肠相关并发症，如小肠结肠炎、巨球蛋白血症等。若未及时发现并处理，上述并发症可能导致反复发作的感染和电解质紊乱，从而增加后遗症的风险。

先天性巨结肠患者还可能出现生长迟缓、营养不良等情况，这主要是因为长期的消化吸收障碍导致机体无法摄取足够的营养物质所引起的。

先天性巨结肠是一种严重的出生缺陷，早期诊断和治疗至关重要。定期监测患儿的生长发育和排便情况，以及遵循医嘱进行饮食调整和药物管理，有助于减少后遗症风险。