两个月没来月经且没有怀孕时出现褐色分泌物，可能是功能性子宫出血、多囊卵巢综合征等原因导致的，需要针对具体病因进行针对性处理。
功能性子宫出血是由于下丘脑-垂体-卵巢轴的功能紊乱引起的一种疾病，此时体内雌激素水平波动较大，会导致子宫内膜过度增生，但不能如期发生撤退性出血，从
而引起阴道出血。而多囊卵巢综合征则是因为雄激素水平升高导致卵泡发育障碍，无法正常排卵，持续存在的雌激素会刺激子宫内膜生长，但在缺乏孕激素的情况下，无法发生正常的剥脱出血，因此会出现月经推迟及褐色分泌物的情况。对于功能性子宫出血，可以遵医嘱使用左炔诺孕酮片、醋酸甲羟孕酮片等药物治疗；多囊卵巢综合征则需在医生指导下口服地屈孕酮片、醋酸氯地孕酮片等孕激素类药物改善病情。
如果患者患有宫颈炎或宫颈癌前病变，则可能因炎症或病变组织接触而导致轻微出血，进而表现为褐色分泌物。这种情况通常需要进一步检查以确定具体原因，并接受相应治疗，如宫颈炎可使用抗生素治疗，如头孢曲松钠、盐酸多西环素等；宫颈癌前病变可通过手术切除治疗。
针对上述情况，在排除妊娠后，建议进行妇科检查以及必要的内分泌检测和超声检查，以明确诊断并获得适当治疗。保持良好的生活习惯，避免精神压力过大，有助于维持生殖系统健康。
