男性尿道里面的小疙瘩伴有疼痛，首先考虑是由于外伤或者是局部炎症刺激所引发的，但也不排除是其他疾病因素所致，需要及时完善相关检查明确诊断。
外伤：若患者存在尿道部位受到撞击或者磕碰的情况，则会导致皮肤软组织受损而诱发疼痛症状。如果只是轻微的损伤，通常不需要特殊处理，注意定期
复查即可。
炎症刺激：常见于尿道炎，由于致病菌侵袭尿道黏膜引起炎症反应，典型症状为排尿困难、尿频、尿急以及尿痛等。若是细菌性尿道炎，可以遵医嘱使用抗生素进行治疗，常用药物包括头孢克肟胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等。
除此之外，还可能是尿道结石、尿道息肉等原因导致的，建议患者及时就医，在医生指导下进行针对性处理。
其他可能原因还包括尿道口囊肿、尖锐湿疣或阴茎癌。这些疾病的诊断需通过专业医师评估和实验室检测来确定。
在诊断未明确前，应避免自行挤压或搔抓尿道内的小疙瘩，以免加重感染或造成出血。同时保持良好的个人卫生习惯，多饮水促进排泄，以减轻不适症状。
