做胃肠镜一般不痛或者仅有轻微腹胀、腹部不适的感觉。
胃肠镜检查时使用的内镜前端配有摄像头及微型器械，通过口腔进入消化道内部进行观察与取样，由于内镜本身较为柔软，并且医生操作时也会尽量减少对消化道壁的摩擦和压迫，因此通常不会导致明显的疼痛感。
个别情况下如存在急性炎症或溃疡等病变时，可能会有一定程度的不适，但也是可以忍受的。
对于患有慢性胃炎、十二指肠球部溃疡等疾病的人群，在进行胃肠镜检查时可能会因为黏膜受到刺激而感到轻微疼痛。此外，如果患者在进行胃肠镜检查前服用过镇静剂，则可能减轻疼痛感觉。
进行胃肠镜检查时应保持放松状态，避免因紧张情绪加剧不适感。若出现剧烈疼痛或其他异常症状应及时告知医护人员。
