生殖器疱疹痊愈后遗留的小疙瘩可能是炎性反应引起的组织增生或血痂，但也不排除是病毒潜伏状态下的复发。

生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染引起的，当病情好转后，局部皮肤可能会出现炎症后的色素沉着或瘢痕形成。如果患者存在免疫缺陷或其他潜在疾病，这些因素可能会影响疾病的恢复过程，导致小疙瘩长期存在。患有生殖器疱疹时，典型症状包括阴部灼热感、瘙痒、疼痛以及随后出现水疱或溃疡。经过治疗后，上述不适症状会逐渐缓解直至消失，而残留的小疙瘩通常不伴有其他临床表现。

针对这种情况，可以进行实验室检测来确认是否存在单纯疱疹病毒的存在，如快速抗原检测法或PCR扩增技术。此外，医生还可能会建议进行活检以评估皮肤病变的性质。对于由生殖器疱疹引起的这种状况，主要通过口服抗病毒药物进行治疗，例如阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦胶囊等。具体用药需遵医嘱执行。

患者应避免搔抓患处，以防感染或加重损伤，同时注意个人卫生，保持局部干燥清洁。