生殖器疱疹引发肛门疼痛可能是由HSV-2感染、肛周湿疹、肛裂、痔疮、直肠息肉等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。

建议患者及时就医，以便获得准确诊断和适当治疗。

1.HSV-2感染

生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒（HSV-2）引起的性传播疾病。当病毒活动时，会导致皮肤和黏膜出现水泡、溃疡等症状，在肛门周围形成炎症，从而引起肛门疼痛。抗病毒药物是主要治疗方法，例如口服伐昔洛韦或涂抹克霉唑乳膏等。

2.肛周湿疹

肛周湿疹是一种常见的皮肤病，由多种内外因素相互作用所致，如汗液浸渍、摩擦刺激、消化道功能紊乱等。这些因素导致局部皮肤发生变态反应，引起瘙痒、红肿、渗出等症状，进而引发肛门疼痛。患者可遵医嘱使用他克莫司软膏、丁酸氢化可的松乳膏等进行止痒治疗。

3.肛裂

肛裂通常由于便秘、腹泻等原因导致肛管皮肤全层裂开，形成小溃疡。排便时干硬的大便会划伤肛门黏膜，造成剧烈疼痛。对于初期肛裂，可通过高锰酸钾温水坐浴缓解不适；若为陈旧性肛裂，则需手术治疗，如肛裂切除术。

4.痔疮

痔核内血管破裂出血，血流不畅滞留在肛门处，形成血栓或者水肿，压迫神经末梢，产生肛门疼痛的症状。患者可在医生指导下使用马应龙麝香痔疮膏、复方角菜酸酯乳膏等药物进行治疗。

5.直肠息肉

直肠息肉是指从肠道黏膜表面突出到肠腔内的隆起性病变，当息肉较大或位置较低时，可能会对肛门区域产生一定的压迫和刺激，引发疼痛感。对于较小且无明显症状者，一般无需处理，定期复查即可；而对于较大的有蒂息肉则需要通过结肠镜下电切术进行治疗。

建议患者注意个人卫生，保持肛门干燥清洁，以减少感染风险。同时，还应注意饮食调理，避免食用辛辣刺激性食物，以免加重肛门疼痛症状。适当的运动也有助于促进血液循环，但要避免剧烈运动以防加重肛门疼痛。