新生儿结膜炎通常不会自愈，需要积极治疗以防止并发症的发生。

该疾病是由病毒或细菌感染引起的眼部炎症，如果不进行适当的治疗，可能会导致角膜溃疡、眼内炎等严重并发症。此外，新生儿免疫系统尚未发育成熟，不能有效地对抗感染，因此必须通过药物干预来控制病情。

由于新生儿免疫系统不完善，结膜炎在治愈后仍存在一定的复发风险。

预防新生儿结膜炎的关键是保持眼部卫生，避免接触可能的致病源，并定期进行眼科检查。