每天早上起来肚子疼可能是慢性胃炎、十二指肠溃疡、功能性消化不良、肠易激综合征或食物不耐受引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.慢性胃炎

慢性胃炎是由长期或反复因素导致的胃黏膜炎症，如感染幽门螺杆菌、饮食不当等。这些因素会导致胃酸和胃蛋白酶对自身组织造成损伤，引起腹痛。

患者可以在医生指导下使用奥美拉唑、雷贝拉唑钠等药物进行治疗。

2.十二指肠溃疡

由于胃液分泌过多或十二指肠黏膜防御功能减弱，使十二指肠黏膜受到胃液侵袭和腐蚀而形成局部缺损，进而诱发疼痛。这种疼痛通常发生在空腹时，且可能伴有恶心呕吐等症状。患者可以遵医嘱服用胶体果胶铋胶囊、铝碳酸镁咀嚼片等保护胃黏膜的药物进行缓解。

3.功能性消化不良

功能性消化不良是指存在消化系统不适症状但经检查排除了器质性病变的情况，此时胃肠道动力异常、幽门螺杆菌感染、内脏敏感性增高、精神心理障碍等因素可能导致早饱感、上腹部胀满、嗳气、烧心、食欲缺乏、恶心、呕吐、上腹部灼热感、打嗝、腹泻、便秘等症状。针对此病可采取认知行为疗法等方式改善症状，也可在医生指导下口服多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利片等促胃肠动力药促进病情恢复。

4.肠易激综合征

肠易激综合征是一种以腹痛或腹部不适为主要症状的功能性肠病，其发病机制尚不清楚，涉及遗传、神经系统异常等多种因素。这些因素导致肠道运动功能紊乱，进而出现腹部不适的症状。患者可在医生指导下使用双歧杆菌三联活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌颗粒等益生菌制剂调节肠道微生态平衡，从而减轻症状。

5.食物不耐受

食物不耐受是身体对某些食物成分产生过度免疫反应的现象，若机体摄入特定的食物后会产生相应的IgE介导的超敏反应，可能会出现腹痛、腹泻、皮疹等症状。患者需要通过食物过敏原检测来确定致敏食物，并建议避免食用已知致敏食物，如牛奶、鸡蛋等。

日常生活中，患者应注意调整饮食习惯，避免暴饮暴食，减少辛辣刺激性食物的摄入，如辣椒、生姜等。同时，定期复查，监测病情变化，对于疾病的诊断和治疗具有重要意义。