药流两次后怀孕胎停可能是由子宫内膜受损、内分泌失调、免疫功能异常引起的。

子宫内膜受损：药流过程中使用的药物可能会损伤子宫内膜，导致其变薄或不适宜着床，进而影响胚胎的生长发育，甚至导致胎停。内分泌失调：药流会对身体内的激素水平造成一定的干扰，可能导致黄体功能不足，影响孕酮的分泌，使子宫蜕膜反应受到抑制，从而引发胎停。

免疫功能异常：药流可能会改变子宫局部的免疫微环境，使得机体对胚胎产生免疫应答，导致胚胎被母体排斥，引起胎停。

如果患者在药流后出现腹痛、阴道出血等症状，应及时就医，以免延误病情。

建议女性在药流后定期复查，监测子宫恢复情况以及是否存在子宫内膜炎等并发症，以减少胎停的风险。同时注意个人卫生，保持外阴清洁干燥，避免感染的发生。