怀孕期间发现HPV6感染时，应积极治疗，以免对母婴健康造成不良影响。

孕期发现HPV6感染时，由于母体免疫力降低，可能导致病毒复制活跃，进一步加重病情发展，因此需积极治疗。若不及时处理，可能会导致宫颈疾病的发生，如宫颈炎、宫颈糜烂等，甚至增加宫颈癌变风险，严重危害母婴健康。

如果孕妇在孕前接种过HPV疫苗，则可能通过机体免疫反应产生一定的保护作用，此时通常不会对胎儿产生不利影响。

孕期或产后女性应注意定期进行妇科检查，包括宫颈涂片和人乳头瘤病毒检测，以早期发现和治疗HPV感染及其相关病变。必要时，在医生指导下使用保妇康栓、重组人干扰素α2b阴道泡腾胶囊等药物进行治疗。