做肠镜检查后肚子疼可能是由肠道菌群失调、肠黏膜损伤、肠梗阻、肠穿孔、肠炎等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.肠道菌群失调

肠道菌群失调是指正常存在于肠道中的微生物平衡被打破，可能导致消化功能紊乱和腹痛。

这可能是因为肠道内有益菌减少，有害菌增多，导致食物不耐受、腹泻等症状。可遵医嘱使用双歧杆菌三联活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌颗粒等益生菌制剂来改善肠道微生态环境。

2.肠黏膜损伤

肠黏膜损伤通常由外部刺激或内在因素引起，会导致肠道通透性增加，进而引发腹痛、腹泻等症状。患者可以遵照医生的意见服用复方谷氨酰胺肠溶片、蒙脱石散等药物保护胃肠黏膜。

3.肠梗阻

肠梗阻是由于各种原因引起的肠道内容物通过障碍，当发生肠梗阻时，由于肠腔狭窄或者完全堵塞，会导致肠管扩张、积液积气，从而引起腹部阵发性的绞痛。对于肠梗阻所致的疼痛，建议进行手术切除病变肠段，如肠粘连松解术、肠扭转复位固定术等。

4.肠穿孔

肠穿孔多由外伤、炎症等原因导致肠壁完整性受损，使肠内容物流出至腹腔，此时会引起剧烈腹痛、恶心呕吐等症状。若确诊为肠穿孔，则需要及时进行外科手术以修复受损部位，例如开腹探查术、腹腔镜下穿孔修补术等。

5.肠炎

肠炎是由病毒、细菌或其他病原体侵袭肠道所引起的炎症反应，这些病原体会产生毒素或直接破坏肠黏膜，引发腹痛、腹泻等症状。针对感染性肠炎，可以在医生指导下口服诺氟沙星胶囊、盐酸洛哌丁胺胶囊等抗生素类药物进行抗感染治疗。

在肠镜检查后出现腹痛时，应避免食用油腻、辛辣食物，以免加重胃肠道负担。必要时，可进一步进行血常规、便常规加潜血试验以及影像学检查，以排除其他潜在的问题。