甲状腺功能减退儿童吃药无效时，可以考虑进行脑磁共振检查。

甲状腺功能减退时，体内甲状腺激素水平降低，影响神经系统发育和功能。如果儿童经过治疗后症状无改善，可能涉及其他因素如颅内结构异常等，此时需要通过脑磁共振来进一步评估儿童的大脑状况。但在进行MRI检查之前，需排除使用含钆造影剂的禁忌证及是否存在幽闭恐惧症等相关禁忌。

针对甲状腺功能减退的药物治疗反应不佳或无效时，应考虑调整剂量或更换抗甲状腺药物，并及时就医咨询内分泌科医生。

在监测下定期复查甲状腺功能是必要的，以确保治疗的有效性和安全性。此外，家长应注意观察孩子的生长发育情况，若发现异常应及时就医。