先天性卵巢发育不良综合征患者染色体通常是正常的，因为染色体核型分析显示其为46XX。

先天性卵巢发育不良综合征与遗传有关，但不是由基因突变引起的常染色体显性遗传疾病，因此不存在特定的致病变异。染色体核型分析是通过检测细胞中的染色体数量和结构来确定是否存在染色体异常，若结果显示为46XX，则表明患者的染色体正常。

先天性卵巢发育不良综合征还可能伴有甲状腺功能减退、多囊肾等非染色体异常的表现，这些都可能导致月经不规律或不孕等问题。

针对先天性卵巢发育不良综合征，建议定期进行激素水平监测以及妇科超声检查以评估生殖器官发育状况。

对于有生育需求的患者，可考虑辅助生殖技术如体外受精，需在专业医生指导下进行。