3个月自然流产的原因可能有内分泌失调、子宫解剖结构异常、染色体异常、免疫因素异常、感染等，这些因素可能导致胚胎发育异常或着床不稳定。建议患者及时就医，进行详细检查以确定具体原因，并接受相应治疗。

1.内分泌失调

内分泌失调可能导致体内激素水平失衡，影响子宫内膜的生长和发育，进而导致受精卵着床困难或者容易发生流产。针对内分泌失调的治疗可能包括使用黄体酮或其他孕激素来支持妊娠。

2.子宫解剖结构异常

子宫解剖结构异常如宫腔粘连、子宫肌瘤等会影响胚胎着床和发育，从而引起自然流产。对于子宫解剖结构异常引起的流产，手术矫正可能是必要的，例如宫腔镜下粘连分解术。

3.染色体异常

染色体异常是指生殖细胞中的染色体数目或结构发生变化，这可能会导致胚胎发育不全或停止发育，从而引起自然流产。遗传咨询和染色体分析可以帮助评估染色体异常的风险，并指导是否需要进行进一步的筛查或诊断测试。

4.免疫因素异常

免疫因素异常如抗磷脂综合征会导致母体免疫系统错误地攻击自身组织，包括胎盘组织，从而干扰正常的胚胎植入和发育过程。免疫调节治疗是常用的治疗方法，例如使用环孢素A或静脉注射免疫球蛋白。

5.感染

某些病原体如弓形虫、巨球蛋白血症可通过血液循环进入胎盘，直接侵犯胎儿或通过诱导母体免疫反应间接损伤胎盘，导致胚胎死亡并诱发流产。感染性流产的治疗通常取决于感染源，如弓形虫感染可采用阿奇霉素或多西环素治疗。

建议患者定期进行妇科检查以及必要时的内分泌功能测定、超声波检查以监测子宫解剖结构变化。针对自然流产后的情况，应避免过度劳累，保持充足睡眠，以利于身体恢复。