艾滋病肺孢子菌肺炎通常难以治愈，但及时有效的抗逆转录病毒治疗可以控制病情，改善预后，延长生命。
该疾病主要是由HIV对机体免疫系统的持续破坏所引起的，这使得患者易受多种感染，包括肺孢子菌感染。虽然不能完全清除HIV，但规范的抗逆转录病毒治疗如鸡尾酒疗法可通过抑制病毒复制来稳定病情，减少并发症的发生频率和严重程度，从而提高生存率。
除了艾滋病外，患有恶性肿瘤、器官移植术后长期服用免疫抑制剂或接受化疗者也容易出现免疫功能低下，增加患此病的风险。因此，这类人群应定期监测CD4+T淋巴细胞计数，以便早期发现异常并采取相应措施。
针对艾滋病肺孢子菌肺炎的治疗需在专业医生指导下进行，并密切监测药物疗效与副作用。患者还应注意营养支持，保证充足的休息，以促进身体康复。
