怀孕两个月自然流产可能是由染色体异常、内分泌失调、子宫解剖结构异常、免疫因素异常、感染等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.染色体异常

由于遗传物质异常引起染色体数目或结构改变，可能导致胚胎发育不全或停止发育。

针对染色体异常引起的流产，可以考虑进行羊水穿刺、绒毛取样等产前诊断技术以评估胎儿染色体是否正常。

2.内分泌失调

激素水平不稳定会影响子宫内膜和胚胎着床，进而影响妊娠结局。如多囊卵巢综合征患者可遵医嘱使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行保胎治疗。

3.子宫解剖结构异常

子宫解剖结构异常包括先天性畸形、肌瘤等，这些异常可能阻碍胚胎着床或导致早产。对于子宫解剖结构异常导致的流产，手术矫正可能是必要的，例如宫腔镜下子宫黏膜下肌瘤电切术。

4.免疫因素异常

母体免疫系统对胚胎产生排斥反应可能导致流产。常用治疗方法是封闭抗体阴性的孕妇体内注射配偶淋巴细胞来抑制母体免疫系统的攻击行为。

5.感染

孕期感染可能导致子宫内膜炎或其他炎症性疾病，干扰胚胎发育过程。若由细菌感染引起，则需要抗生素治疗，如青霉素类抗生素或头孢菌素类抗生素。

建议定期进行超声波检查以及血液中的HCG和孕酮检测，以监测胎儿健康状况。必要时，医生可能会推荐进行基因检测或宫颈长度测量。