深圳市人民医院、北京大学深圳医院、深圳市第二人民医院、深圳市中医院和深圳市第三人民医院是深圳治疗甲状腺疾病的口碑较好的医院，本回答将根据医院的设备技术、专家团队、服务质量和患者满意度等方面，对这五家医院进行综合评价，并列出他们的优缺点，以帮助患者做出更明智的就医选择。

1.深圳市人民医院

深圳市人民医院是综合性的三级甲等医院，在甲状腺疾病诊疗方面具有丰富的经验。该医院拥有先进的设备和技术力量雄厚的医疗团队，能够为患者提供高质量的甲状腺疾病诊治服务。

2.北京大学深圳医院

北京大学深圳医院是一所集医疗、教学、科研于一体的大型综合性医院，其甲状腺科在国内享有较高声誉。该医院拥有一批经验丰富的甲状腺专家，他们熟练掌握各种甲状腺疾病的诊断与治疗方法，并且紧跟国际前沿技术发展动态进行更新换代。

3.深圳市第二人民医院

深圳市第二人民医院是深圳市属三级甲等公立医院，设有独立的甲状腺外科，可满足各类甲状腺相关问题的诊治需求。该院甲状腺外科团队由多名资深医生组成，他们在开放性手术、腔镜微创手术等方面积累了丰富经验，并能为患者提供个性化诊疗方案。

4.深圳市中医院

深圳市中医院是一家集医疗、教学、科研为一体的大型中医医院，其甲状腺科以传统中医药疗法为主，辅以现代医学手段，治疗效果显著。该科室汇聚了一批中医内科、针灸推拿等方面的专家，他们擅长运用中药内服外敷、穴位按摩等多种方法来调理甲状腺功能异常。

5.深圳市第三人民医院

深圳市第三人民医院是一所三级甲等医院，其甲状腺科致力于开展甲状腺结节、甲亢、甲减等疾病的临床研究工作。该科室引进了国内外先进的诊疗技术和设备，并经常组织国内知名专家前来会诊及学术交流活动，确保患者得到比较优质的医疗服务体验。

选择合适的医院进行甲状腺疾病治疗时，应考虑医院的专业水平以及是否具备完善的检查设备。同时，建议定期进行甲状腺功能检测，以便及时发现病情变化。