中药灌肠通常不会伤害肠道，但在个别情况下也可能导致不良反应。

中药灌肠中使用的大多数草药被设计为直接作用于直肠或结肠，因此不太可能对小肠产生有害影响。然而，如果患者有特定的肠道敏感性或过敏史，在某些情况下，如个体对某种草药有过敏反应，则可能出现不良反应。此外，若灌注量过大、速度过快等，都可能导致腹胀、腹泻等消化道症状。

在极少数情况下，使用不当的中药灌肠可能会引起局部皮肤灼伤或过敏反应。

实施中药灌肠时需注意药物选择与配制比例适宜，并控制好温度和灌注速度以减少潜在风险。同时应密切观察患者的反应，一旦出现异常应及时停用并采取相应处理措施。