生殖器疱疹不会通过马桶传染。

生殖器疱疹主要通过直接接触病变部位传播，而马桶是公共卫生设施，使用频率高，容易被各种病原菌污染，因此不建议在公共厕所长时间坐着，以免引起其他疾病。

除了生殖器疱疹外，还应预防其他的性传播疾病，比如艾滋病、梅毒等，需要做好个人防护措施。

日常生活中，要注意保持良好的卫生习惯，避免与他人共用个人物品，以减少感染的风险。