妇科指检时发现肛门疼痛可能是阴道炎、宫颈炎、子宫内膜异位症、盆腔炎、肠道梗阻等疾病的表现，这些疾病可能相互影响，因此需要进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便进行进一步的检查和确诊。

1.阴道炎

阴道炎是由各种原因导致的阴道微生态失衡，病原体侵袭所致。炎症可能导致局部黏膜充血、水肿和敏感性增加，从而引起指检时的不适感。患者可在医生指导下使用甲硝唑、氯霉素等药物进行抗厌氧菌治疗。

2.宫颈炎

宫颈炎由细菌感染引起，会导致宫颈组织发红、肿胀和触痛，因此会引起指检时疼痛。针对宫颈炎的治疗方法包括抗生素治疗，如遵医嘱使用头孢曲松钠、多西环素等药物。

3.子宫内膜异位症

子宫内膜异位症是指子宫内膜细胞生长在子宫外的情况，当这些细胞接触到手指时，可能会因为刺激而引起疼痛。治疗子宫内膜异位症通常需要手术切除受累组织，例如腹腔镜下卵巢囊肿剔除术。

4.盆腔炎

盆腔炎是女性上生殖道感染性疾病，主要包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿以及盆腔腹膜炎。炎症因子可刺激周围神经，进而出现指检肛门疼痛的现象。抗生素治疗是主要手段，常用药物有阿莫西林克拉维酸钾片、盐酸左氧氟沙星胶囊等。

5.肠道梗阻

肠道梗阻发生时，由于肠内容物通过障碍，会导致肠管扩张和积液，此时进行肛门指诊时会感到明显的压痛和不适。对于不完全性肠梗阻的患者，可通过禁食水、胃肠减压等方式缓解病情。

建议关注身体其他异常信号，如持续发热、腹泻或便秘交替等症状，及时就医以确定诊断并接受适当治疗。必要时，可能需进行妇科超声波检查、阴道分泌物培养或结肠镜检查以进一步评估病情。