畸形精子症可通过口服药物进行治疗，主要应用抗氧化剂、改善精子质量药物、抗生素等药物，具体用药需要根据引起畸形精子症的原因来决定。
1、抗氧化剂：如果畸形精子症是由于生殖系统感染，尤其是附睾炎、前列腺炎等引起，则可服用抗氧化剂，比如左卡尼汀、美他多辛等，可保护精子内膜，提高精子活力以及浓度;
2、改善精子质量药物：生殖系统感染会造成精液不液化，影响精子质量，导致畸形精子症。如果是由于精液不液化而引起的畸形精子症，可以通过口服改善精子质量的药物来进行治疗，如生殖五子衍宗丸、麒麟丸等;
3、抗生素：畸形精子症的患者存在生殖系统炎症时，也可能导致精子畸形率增加，此时可使用抗生素进行治疗，如盐酸左氧氟沙星胶囊、阿奇霉素分散片等，当炎症消除后，精子畸形率通常也会降低;
4、其他药物：畸形精子症还可能是由于内分泌异常所导致，如甲状腺功能异常、高泌乳素血症等，则需要应用提高甲状腺功能或者抑制高泌乳素的药物进行治疗，如左甲状腺素钠片、甲磺酸溴隐亭片等。如果是由于雄性激素不足导致，则需要应用提高雄性激素的药物进行治疗，如十一酸睾酮软胶囊。
患者出现畸形精子症时，建议及时去医院男科进行精液常规检查，判断畸形精子症的严重程度。在日常生活中，男性要戒掉吸烟、喝酒等不良生活习惯，同时避免熬夜、劳累，有助于改善畸形精子症。
