肛门指检超疼可能是痔、肛裂、肛窦炎、直肠息肉、肛乳头肥大等疾病导致的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得准确诊断和适当治疗。

1.痔

痔是由于长期便秘、腹泻等导致肛垫下移和静脉曲张所引起的。当患者进行肛门指检时，触碰到病变部位会导致疼痛。对于痔的患者，在医生指导下使用马应龙麝香痔疮膏、红霉素软膏等药物可以起到止痛的作用。

2.肛裂

肛裂是指齿状线以下肛管皮肤层裂开后形成的小溃疡，易引起剧烈疼痛。因为肛裂处神经分布丰富且敏感，所以容易出现疼痛的情况。针对肛裂所致的疼痛，可遵照医生的意见使用复方角菜酸酯栓、氢化可的松注射液等药物缓解不适。

3.肛窦炎

肛窦炎是由细菌感染引起的肛隐窝炎症，其会引起局部黏膜充血水肿，进而诱发疼痛。因为肛窦炎通常伴随肛门括约肌痉挛，此时对肛门指检的操作产生抵抗，从而加重了疼痛感。患者可在医生指导下使用阿莫西林胶囊、甲硝唑片等抗生素类药物控制感染，必要时需行手术切除病变组织。

4.直肠息肉

直肠息肉是一种突出于肠腔内的良性肿瘤，可能伴有出血等症状，当触及时也会有明显的疼痛感。这是因为在进行肛门指检时，手指会对息肉造成摩擦和压迫，进而引发疼痛。对于较小的无蒂或带蒂早期直肠息肉，可通过内镜直接摘除。

5.肛乳头肥大

肛乳头肥大是由于慢性炎症刺激引起的纤维结缔组织增生，肥大的肛乳头较为脆弱，易受外界刺激而发生破溃、感染等情况，因此会出现疼痛的症状。患者需要及时就医，可以在医生的帮助下通过肛乳头切除术的方式将病变部分切除。

建议关注排便习惯和排便质量，以减少肛门疾病的发病率。定期进行肛门指检有助于早发现、早诊断、早治疗。