小儿泌尿道感染致病菌主要为大肠埃希菌、变形杆菌、克雷伯氏菌属及葡萄球菌。

上述致病菌属于革兰氏阴性杆菌，此类细菌可利用其表面蛋白与膀胱上皮细胞受体结合而定植于泌尿道，并且具有较强的尿路上皮黏附能力，因此容易引发感染。

当机体抵抗力下降时，这些细菌得以大量繁殖，进而诱发泌尿道感染。

在某些罕见情况下，真菌也可能成为小儿泌尿道感染的致病菌，如白色念珠菌等。这通常发生在免疫抑制或长期使用抗生素后，因为正常存在的肠道菌群失调，使得机会性真菌得以乘虚而入。

预防小儿泌尿道感染的关键是保持良好的个人卫生习惯，尤其是在婴幼儿阶段。同时，家长应注意观察孩子是否有排尿困难、尿频、尿急等症状，一旦发现应及时就医以获得适当的治疗。