先天性气管食管瘘患者在吞咽时可能会出现呛咳、吸入性肺炎等现象。

先天性气管食管瘘使得食物和液体可以不经正常途径进入消化道，而是直接流入呼吸道，引起呛咳。同时，由于气管与食管之间的不完整连接，可能导致部分人误将空气吸入胃中，从而引发吸入性肺炎。

这些都属于较为常见的临床表现，需要紧急医疗干预。

如果先天性气管食管瘘伴随有反复肺部感染或呼吸困难，可能需要手术治疗。

对于先天性气管食管瘘患者，定期的临床监测以及营养支持是非常重要的。必要时，可采用经鼻胃管喂养以减少误吸的风险。