肛门指检是指医生用食指伸进患者肛门中进行触诊，通过肛门指检能够了解肛门外口是否有肿瘤存在，而肛门指检很疼是指患者在进行肛门指检时感觉到疼痛，可能是由于肛裂、痔疮、肛周脓肿、肛门直肠周围脓肿等导致。

1、肛裂：是指肛管皮肤的破裂或撕裂，最常见于排便时过于用力，撑破肛管皮肤引起，患者会出现疼痛、出血、便秘等症状。在进行肛门指检时，指套上可能沾有血迹。如果不是很严重，医生可以先进行手法复位，复位成功后再涂抹盐酸丁卡因胶浆等药物进行镇痛治疗。对于疼痛剧烈的患者，可以口服双氯芬酸钠缓释片等药物进行止痛治疗;

2、痔疮：是指肛管或直肠下端静脉充血肿大所引起的疾病，如果痔疮较严重，脱出肛门后会导致患者出现剧烈疼痛。可以涂抹马应龙麝香痔疮膏等药物进行治疗，疼痛剧烈者可以口服布洛芬胶囊等药物进行止痛治疗，还可以进行手术切除治疗;

3、肛周脓肿：是指直肠周围间隙或软组织内发生急性化脓性感染，脓液形成后会压迫周围组织产生疼痛感，通过肛门指检可以触及局部波动感。建议患者尽快进行手术切开引流治疗;

4、肛门直肠周围脓肿：是指直肠和周围组织发生的急性化脓性感染，脓液形成后会压迫周围组织，引起剧烈疼痛。可以遵医嘱使用甲硝唑片等药物进行抗感染治疗，如果伴有发热等症状，还可以口服布洛芬胶囊等药物进行对症治疗。

除上述疾病外，直肠癌等疾病也可能导致上述症状。建议患者到医院肛肠外科就诊，通过指检、血常规、大便常规等检查明确诊断。