妇科肛门指检后小腹疼痛可能是由软组织损伤引起的。

因为进行肛门指检时需要将手指伸入患者的肛门内进行触诊，此时可能会对肛周及盆腔部位的软组织造成一定的刺激和压迫，引起局部肌肉紧张或轻微的损伤，进而引发疼痛感。

此外，如果患者在检查过程中存在阴道炎、宫颈炎等疾病，在炎症因子的作用下，也有可能会出现上述症状。因为这些炎症可能累及邻近器官和组织，导致不适反应。

因此，建议患者在进行妇科肛门指检后，应注意观察腹部疼痛的变化情况，同时还需注意个人卫生，以免加重不适症状。