生殖沙眼衣原体不会直接感染眼睛，但可能间接引起结膜炎。

生殖沙眼衣原体主要通过性接触传播，在繁殖过程中可能会对尿道、宫颈等部位造成一定的损伤。

这些受损的黏膜在与眼睛接触后，有可能会将病原体带入眼球，诱发结膜炎。因此，虽然生殖沙眼衣原体不会直接感染眼睛，但仍需注意个人卫生及防护措施以减少风险。

除了结膜炎外，生殖沙眼衣原体还可能导致男性出现输精管炎、附睾炎等疾病，女性则可能出现输卵管炎、子宫内膜炎等疾病。这些炎症都可能影响生育能力，并增加不孕不育的风险。

面对生殖沙眼衣原体感染，应避免性行为至治愈为止，同时遵循医嘱完成治疗周期。若发现眼部不适或疑似感染症状，应及时就医以便获得适当的诊断和治疗。