肾结石一侧肾萎缩通常需要进行手术治疗。

肾结石导致的尿路梗阻会引起尿液滞留，长期压迫可导致肾实质受损、肾功能减退甚至消失，因此需通过手术如经皮肾镜取石术等来解除梗阻，保护剩余健康的肾组织不受进一步损伤。

如果肾萎缩是由其他原因引起的，则需针对具体病因选择合适的手术方式，例如输尿管切开取石术等。在制定手术方案时，应综合考虑患者的整体健康状况及是否有手术禁忌证。

若肾萎缩是由于慢性肾炎发展而来，则可能伴随高血压、水肿等症状，在这种情况下，也需要进行手术治疗，以缓解症状，改善肾脏功能。但手术方式需调整为经皮穿刺肾造瘘引流术或腹腔镜下肾盂成形术。

对于肾结石合并肾萎缩的患者，建议定期监测肾功能指标，避免增加肾脏负担的因素，如高钙饮食，并积极控制原发疾病，如糖尿病。