先天性胆总管囊肿手术后可能会复发。

先天性胆总管囊肿手术治疗后，如果残留有病变组织或者术中未能完全切除病变部位，则可能导致病情复发。此外，术后患者可能存在一定的风险因素，如存在其他潜在的胆道疾病、免疫功能低下等，这些都可能增加复发的风险。因此，术后需要密切监测病情变化，并按医嘱进行定期复查，以尽早发现并处理可能的复发或其他并发症。

先天性胆总管囊肿手术后还应警惕发生胆管炎、胰腺炎等并发症的可能性。

先天性胆总管囊肿患者在术后应注意遵循医嘱进行随访和管理，同时保持良好的生活习惯和饮食习惯，有助于降低复发风险。