早上晨尿小腹会痛可能是由于膀胱炎、输尿管结石等引起的泌尿系感染或梗阻性疾病所致，也有可能是月经期的影响。
膀胱炎是由各种病原体引起的膀胱壁炎症，炎症会引起膀胱肌肉敏感性增加，在排尿时会出现疼痛感；输尿管结石则是因为尿液中晶体形成并在输尿管内移动而形成的固体块状物，当结石从肾脏下落到输尿管时，会导致输尿管痉挛和狭窄，进而引起剧烈的腰背部绞痛，并向下放射至腹部，所以可能会在早晨排尿时感到小腹疼痛。月经期间子宫内膜脱落，前列腺素分泌增多，可诱发子宫收缩，此时若伴有宫颈口狭窄或粘连，则易发生经血潴留，导致下腹坠胀及疼痛，因此部分女性会在晨起排尿时感到小腹疼痛。
此外，还应考虑是否存在盆腔炎、附件炎等妇科疾病，因为这些疾病也可能导致晨起排尿时出现小腹疼痛的症状。
针对以上提及的所有可能原因，建议患者及时就医以确定具体诊断并接受相应治疗。同时，保持良好的个人卫生习惯也是预防泌尿系统感染的重要措施之一。
