怀孕期间进行HPV检测通常不会对胎儿造成不良影响，但需谨慎操作。

虽然HPV检测本身一般不具有明显的致畸作用，但在孕期进行该检测时，为获取准确结果可能需要采集宫颈细胞样本。在此过程中，轻微刺激可能导致子宫收缩，因此建议在孕期结束后再进行此项检测，以降低风险。

如果孕妇处于妊娠早期或存在宫颈疾病，则不宜进行HPV检测，以免引起先兆流产、宫颈炎等并发症加重的风险。

鉴于HPV感染与妊娠期合并症之间的关联性，建议孕妇在整个孕期定期接受医学评估，特别是注意生殖系统健康，避免不必要的风险。