药物流产后流干净一般不会引起不孕不育。

药物流产主要是通过口服药物的方式达到终止妊娠的目的，如果在服用药物后胚胎组织完全排出，并且个人体质较好，在短时间内能够恢复正常状态，此时并不会影响到正常的生育功能，也不会出现不孕不育的情况。但如果患者本身存在妇科疾病或者是术后护理不当，可能会诱发继发性不孕的现象发生，因此需要做好全面的身体检查工作，以免延误病情的最佳治疗时机。

若女性有子宫内膜炎、输卵管炎等炎症性疾病，或者存在宫颈粘连、宫腔粘连等情况，则可能增加不孕不育的风险。这些情况都可能导致生殖道感染或堵塞，进而影响受孕能力。

药物流产后应关注身体恢复情况，定期复查以确保是否流干净。如有任何不适或疑虑，应及时咨询医生。