功能性卵巢囊肿可通过药物治疗缓解症状，但恶性或复杂的囊肿需要手术治疗。

功能性卵巢囊肿多为良性，且与体内激素水平相关，通过调整内分泌功能的药物可以使其缩小或消失。而其他类型的囊肿则可能是恶性的或是复杂的，无法仅靠药物治疗，需要手术切除。为了确保安全和有效治疗，应遵医嘱选择合适的治疗方法。

对于子宫内膜异位症引起的卵巢巧克力囊肿，患者可在医生指导下使用非甾体抗炎药、孕激素等止痛药物进行治疗，如布洛芬缓释胶囊、醋酸甲羟孕酮片等，以减轻疼痛症状，但并不能使囊肿完全消退。

在诊断为卵巢囊肿后，建议定期复查，监测囊肿大小变化，避免剧烈运动以及腹部压迫，保持良好的生活习惯和规律作息，有助于病情恢复。