胎儿三个月畸形可能是由染色体异常、药物副作用、放射线暴露、内分泌失调、感染因素等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.染色体异常

染色体异常包括数量和结构上的改变，可能导致基因表达失衡，影响胚胎发育，导致胎儿出现各种畸形。针对染色体异常的治疗主要是通过遗传咨询、产前诊断等手段进行干预，如羊水穿刺术、绒毛取样术等。

2.药物副作用

孕期用药不当可能会影响胎儿的正常生长发育，导致畸形的发生。如果孕妇在怀孕期间需要服用药物，应在医生指导下选择对胎儿影响较小的药物，如维生素B6、叶酸等。

3.放射线暴露

电离辐射可引起DNA损伤，干扰细胞分裂过程，从而增加胎儿畸形的风险。减少孕妇对电离辐射的接触是预防畸形的关键，可通过使用电脑时佩戴防辐射眼镜、定期休息等方式来降低风险。

4.内分泌失调

内分泌失调可能导致激素水平不平衡，进而影响胎儿的器官发育，造成畸形。对于内分泌失调的患者，可以通过营养支持疗法补充必要的营养素，改善母体健康状况，促进胎儿的健康成长。

5.感染因素

妊娠期感染某些病毒或其他病原体可能导致胎儿发生先天性感染性疾病，表现为畸形。若母亲感染了巨球蛋白血症，则需遵医嘱使用阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒药物进行治疗。但需注意的是，以上药物均需谨慎使用，以免影响胎儿健康。

建议患者定期进行超声波检查以及血液生化指标检测，以监测胎儿发育情况和母体内分泌状态。必要时，可以考虑进行无创产前基因检测，进一步评估染色体异常的风险。