先天性短肠综合征在孕期通常无法通过常规检查发现，但可通过羊水穿刺等特殊检查进行诊断。

先天性短肠综合征主要由肠道发育异常引起，这些异常可能在胎儿时期就已经表现出来，但由于其症状不典型且缺乏特异性标志物，在孕期常规检查中难以识别。

羊水穿刺可以获取胎儿细胞进行染色体分析，从而帮助诊断某些遗传性疾病，包括一些与肠道发育相关的疾病。

先天性短肠综合征还可能伴有胰腺功能不足或胆道闭锁等并发症，这些都可能导致消化吸收障碍，进一步影响营养物质的吸收。

对于先天性短肠综合征患者，应密切监测病情变化，定期进行生长发育评估、电解质水平检测以及营养支持评估，以确保患儿得到比较好治疗效果。