先天性巨结肠通过治疗性手术可以被治愈。

先天性巨结肠是因为胚胎期远端直肠及结肠神经节细胞缺如或分布不均所致，使该处的肠壁肌间神经丛不能产生正常蠕动，进而影响了粪便向远侧推进的动力，近端肠管则因继发性动力改变而发生不同程度的结构改变。这种肠道结构异常可通过治疗性手术彻底纠正，因此可视为临床治愈。

在极少数情况下，先天性巨结肠可能伴随有严重的并发症，如穿孔、腹膜炎等，此时治疗难度会相应增加，预后也相对较差。

先天性巨结肠是一种需要早期诊断和及时干预的疾病，以避免长期肠梗阻导致的营养不良和其他并发症。定期的新生儿筛查和婴儿排便习惯监测是关键所在。