肛门镜检查仅达肛门内部，用于观察内部情况；而肛门指检可深入至直肠下段，以评估肛门、直肠的结构和功能。

肛门镜检查主要针对肛门和直肠上部的病变，如痔疮、息肉等。这些病变通常位于黏膜层或其下方，因此检查时不会涉及更深的组织。肛门指检则重点评估肛门括约肌的功能以及是否存在触痛点，因为许多肛门与盆腔疾病可能涉及到深层结构。肛门镜检查可用于诊断痔、肛裂等问题，而肛门指检有助于发现直肠前突、内脱垂等异常。两者均能帮助识别可能导致排便困难、疼痛或出血的病因。

肛门镜检查通过将带有光源的小型摄像头送入肛门进行观察，一般情况下可以到达距肛门3～5厘米处。肛门指检是医生戴上手套后将食指伸进患者肛门内进行触摸检查的一种简单方法，通常会触及到肛门括约肌及其周围区域。肛门镜检查后的治疗取决于发现的问题，例如痔可以通过硬化剂注射、激光凝固或手术切除来处理。肛门指检后，如果发现有炎症或肿瘤，则需要进一步的影像学检查或活检以确定具体原因并制定相应治疗计划。

在进行肛门镜和肛门指检之前，应避免摄入含纤维素丰富的食物，以免影响检查结果。此外，还应注意个人卫生，保持肛周清洁干燥，以减少感染风险。