巧克力囊肿患者通常可以怀孕，但需要密切监测病情变化。

巧克力囊肿患者的生育能力取决于囊肿大小、位置以及对周围组织的影响程度。若囊肿较小且未引起明显症状，则不会显著干扰正常的生殖过程，此时可考虑自然受孕。但是，对于较大或复杂的囊肿，可能会增加手术干预的风险，因此建议在专业医生指导下进行决策。

如果巧克力囊肿体积较大或者已经导致输卵管堵塞，则可能会影响卵子与精子的结合，从而降低怀孕几率。

由于巧克力囊肿可能导致不孕不育等问题，建议患者定期进行妇科检查，并注意身体症状的变化，以便及时发现和处理任何潜在的问题。