先天性蛛网膜囊肿手术存在一定的危险性，但具体取决于囊肿大小及位置。

虽然该手术属于常规开颅手术，但由于囊肿的位置和大小不同，因此手术难度和风险也有所差异。如果囊肿位于重要功能区附近或者较大，则手术风险相对较高，可能涉及周围组织结构的损伤甚至功能障碍。此外，手术还可能存在感染、出血等并发症的风险，需要密切监测和处理。

若患者有凝血功能异常或患有心血管疾病，如高血压、冠心病等，会增加手术风险和术后管理难度。

实施先天性蛛网膜囊肿手术需谨慎评估风险与收益，并在专业神经外科医师指导下进行，以确保安全有效治疗。