肛门指检后肛门有点疼可能是由于指检引起的肛门局部组织受损所致。
肛门指检过程中，医生需要使用手指进入患者肛门进行检查，这会导致肛门黏膜受到摩擦和压迫，从而引起疼痛。一般情况下，这种疼痛是暂时的，可以通过休息和局部清洁来缓解。但如果疼痛持续时间较长或伴随其他症状，如便血、肛门瘙痒等，则可能是存在疾病，需及时就医。
如果患者在肛门指检后发现有痔核脱出、出血等情况，此时则可能出现了痔疮急性发作或者加重的现象，进而导致肛门部位出现明显的肿胀以及疼痛感。
因此，在进行肛门指检后，应避免立即进行剧烈运动或提重物，以减少肛门区域的压力和不适感。同时注意保持肛门卫生，避免使用刺激性强的洗液，以免影响伤口愈合。
