宝宝囟门凹陷可能是由维生素A缺乏、维生素D缺乏、钙质吸收不良、甲状腺功能减退、先天性心脏病等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.维生素A缺乏

维生素A缺乏导致眼肌和视网膜发育不全，引起夜盲、视力下降等症状。

可通过口服维生素A软胶囊进行补充。

2.维生素D缺乏

维生素D促进钙磷吸收，缺乏时会导致佝偻病等骨骼病变，颅骨未及时闭合形成囟门早闭。可遵医嘱使用维生素AD滴剂改善。

3.钙质吸收不良

钙质吸收不良影响头骨生长发育，可能导致囟门过早关闭。可以适当晒太阳以促进皮肤合成维生素D3，进而提高钙质吸收率。

4.甲状腺功能减退

甲状腺激素水平低下会影响脑部发育，从而出现囟门凹陷的现象。可在医生指导下服用左甲状腺素钠片来纠正甲状腺功能异常状态。

5.先天性心脏病

先天性心脏病可能造成心脏结构异常，影响血液流动，使颅内压增高，导致囟门凸起。针对先天性心脏病的治疗方法包括经皮介入治疗和开胸手术两种方式。其中，经皮介入治疗是通过血管通路将特制器械送至心腔内进行微创修复；而开胸手术则需切开心包直接暴露并修复受损部位。

建议定期监测宝宝的生长发育情况，包括身高体重、头围等指标，以及必要的血液生化检查，如电解质分析和微量元素检测，以评估营养状况和代谢状态。