怀孕40天药流一般是可以流干净的。

怀孕40天属于早期妊娠阶段，此时胚胎尚未形成完整的结构，体积较小，容易被药物作用下顺利排出体外。此外，在医生指导下正确服用药物也可以提高流产的成功率。

怀孕40天药流是否能流干净因人而异，取决于个体差异、子宫收缩力以及是否有并发症等。

药物流产后，应密切观察阴道出血量及持续时间，并定期复查以确保宫内情况。必要时需遵医嘱使用抗生素预防感染，如阿莫西林胶囊、氨苄西林钠舒巴坦匹酯片。