甲硝唑对厌氧菌有较好的抗菌作用，因此可以用于治疗厌氧菌为主的疾病如牙周炎。
甲硝唑能有效抑制或杀灭多种厌氧菌，包括革兰氏阳性及阴性厌氧球菌、杆菌等，从而减轻由厌氧菌过度繁殖导致的牙周组织破坏和感染。该药口服后迅速吸收，在体内广泛分布，并可透过血-脑脊液屏障，其代谢产物5-氨基咪唑衍生物具有抗厌氧菌的作用。此外，甲硝唑还可影响DNA代谢，使细菌的RNA和蛋白质合成受到干扰，进而抑制细菌生长和繁殖。
除了甲硝唑外，患者还可以遵医嘱使用阿莫西林胶囊、奥硝唑片等药物进行治疗，但需注意两种药物不宜同时服用，以免引起恶心呕吐等不良反应。
在治疗牙周炎期间，患者应注意口腔卫生，定期刷牙、使用牙线和漱口水以控制菌斑和食物残渣堆积。避免食用过硬或过冷的食物，以免刺激受损的牙龈。
