鳃裂囊肿手术后可能会留下疤痕。

因为鳃裂囊肿位于特殊的解剖部位，手术需要切开皮肤以移除囊肿，所以会有一定的创伤和组织损伤，可能导致伤口愈合不全或者炎症反应，进而形成疤痕。此外，个体差异如皮肤修复能力、是否遵循医嘱进行术后护理等也可能影响疤痕的程度。

如果患者是瘢痕体质，则可能在术后出现增生性瘢痕或瘢痕疙瘩，这种情况比较特殊，与个体差异有关。

术后应保持切口干燥清洁，避免剧烈运动和暴露于阳光下，以减少疤痕形成的概率。