慢性中耳炎耳膜穿孔手术可能有轻微的副作用，但通常可以自行缓解。

虽然慢性中耳炎耳膜穿孔手术是一种常规的治疗方法，但在手术过程中会涉及到对耳道及鼓膜的侵入操作，这可能导致局部组织受到一定程度的损伤，引起术后疼痛、出血等症状。这些症状一般会在数日内自行消退，但如果持续不改善或者伴有其他异常表现，则应及时告知医生进行处理。

若患者在术后出现耳鸣、听力下降等情况时，需警惕感染的发生，应立即就医以避免进一步损害听力。

治疗慢性中耳炎耳膜穿孔时，应综合考虑患者的全身状况以及是否有免疫缺陷病史，在确保安全的前提下进行手术。同时，定期复查是必要的，以便监测病情变化和指导后续治疗。