癫痫患者脑子里面通常没有病菌。

癫痫主要是由于脑内神经元异常过度放电导致的，而病菌感染可能会诱发癫痫，但并非所有癫痫都由病菌感染所致。此外，部分癫痫是由其他原因引起的，如脑外伤、脑血管病变等，这些情况下，患者脑子里并没有病菌的存在。

需要排除颅内感染的可能性时，医生会通过腰椎穿刺术获取脑脊液样本进行分析。如果患者的脑脊液中白细胞计数增高，并且培养出特定致病菌，则可确诊为颅内感染。

在诊断癫痫或其他神经系统疾病时，应避免使用可能导致颅内压增高的药物或操作，以免加重病情。