肛门指检和肛镜检查通常不会有后遗症，但如果操作不当，也可能会出现肛门不适、出血、感染、疼痛等后遗症。如果感觉有肛门不适，建议及时就诊，并在医生指导下进行相应治疗。

1、肛门不适：如果医生在进行肛门指检时，手指不小心触碰到肛门的内外括约肌，或者肛管的皮肤，可能会导致肛门部位出现疼痛、不适感等症状，但通常不会造成后遗症;

2、出血：如果在进行肛门指检和肛镜检查时，仪器不小心碰触到内外括约肌，也可能会导致肛门部位出现少量出血，但通常也不会造成后遗症;

3、感染：在进行肛门指检和肛镜检查时，仪器需要从肛门部位进入，如果医生的操作手法不当，仪器进入时，可能会导致肛门部位的黏膜受到损伤，若不注意护理，则可能会导致感染。另外，如果器械消毒不彻底，也可能会导致感染;

4、疼痛：在进行肛门指检和肛镜检查时，仪器需要从肛门部位进入，所以可能会刺激到敏感的皮肤，导致患者感到疼痛。但这种疼痛也在可以忍受的范围内，并不会造成后遗症。

除上述常见情况外，如果在进行这两种检查时操作不当，则可能会导致患者出现肛裂。因为肛裂是一种常见的肛门疾病，治疗起来比较困难，所以建议患者尽量选择正规医院进行这项检查。