肛门指检后阴部疼痛可能与肛裂、痔疮等疾病有关。

肛裂是指齿状线以下肛管皮肤层全层的小溃疡，典型症状是肛门剧烈疼痛、便秘和便血。痔疮则是因肛垫下移和静脉曲张所形成的团块，常见症状包括肛门疼痛、瘙痒、出血等。这两种疾病都可能导致肛门指检时触碰到受损的肛周组织而引起疼痛。

此外，如果患者既往有外伤史或手术史，此时局部伤口未愈合好，也可能导致指检后出现短暂的不适感。这通常是因为伤口处受到刺激引起的炎症反应。

在进行肛门指检后，应避免立即进行性生活或其他可能导致阴部摩擦的活动，以减少不适感和促进伤口愈合。同时，若疼痛持续不缓解或者伴有其他异常表现，应及时就医以便获得适当的治疗。